Mejlborg blev opført i 1896-98 efter tegninger af arkitekt Sophus Frederik Kühnel. Bygningen blev bygget, hvor den tidligere byport i Mejlgade havde ligget, og bymuren havde afgrænset byen indtil 1871. Mejlborg var den første bygning af sin størrelse i byen, og den var markant højere end de nærliggende købmandshuse i Latinerkvarteret.
I 1899 udbrød der en brand i en tømmerplads på Mejlgade, og den ødelagde 14 bygninger i nordenden af gaden, inklusive Mejlborg, og efterlod kun den ydre facade tilbage. Branden tiltrak stor opmærksomhed fra byens borgere, der samledes for at se begivenhederne udfolde sig. Café Mejlborg lukkedes – dog først efter at ilden havde fået godt fat i Mejlborgs øverste etage – og folk begyndte at bjærge ejendele fra bygningskompleksets lejligheder. En del soldater, der var blevet tilkaldt for at deltage i redningsarbejdet, brugte dog i stedet deres tid på at hente vin og champagne ud af det den nu tomme café og drak sig så fulde, at de ikke var i stand til at hjælpe.
Mejlborgs brand var den helt store nyhed i avisen lørdag den 19. august 1899. I de fem spalter, der fortalte om branden, kunne man blandt andet læse: ”Da Ilden var Herre i Aarhus. I mange af de kommende Aar vil Fredagen den 18de August 1899 staa som en Mærke i Aarhusborgernes Bevidsthed, og Dagen vil blive mindet af de Folke, som vil beskrive Byens Historie og dens Fremgang i de kommende Tider. Den vil blive mindet som den Dag, paa hvilken Værdier for ca. 1½ Million Kr. i Løbet af ganske faa Timer gik op i Luer, og den Dag, paa hvilken Byens stolteste Bygning blev forandret til en Hob af Grus og Aske.” I de følgende dage kørte sagen i avisen, og det kom senere frem, at det var en dreng på syv år, som havde startet ilden med nogle tændstikker, han havde fået af nogle ældre drenge.
Da Mejlborg var brændt ned, stod man tilbage med et stort problem. Mange af væggene stod tilbage i ruinen og kunne styrte ned hvert øjeblik. Det var derfor farligt at bevæge sig rundt i og omkring bygningen, hvilket forhindrede oprydningsarbejdet. Løsningen blev, at man fik dele af de udstationerede tropper i Aarhus til at beskyde ruinen med kanoner for at få den til at falde sammen. Nedskydningen af bygningerne gik dog ikke helt som planlagt. Flere andre bygninger i nærheden led skade, og flere lagde derfor sag an mod ejerne af Mejlborg. Tømrermester C.J. Andersen var en af dem, der lagde sag an for 200 kr. Han blev dog ikke tildelt nogen erstatning.
Mejlborg blev genopbygget samme år som branden, og det blev genopført stort set som det stod inden branden. Restauranten blev genetableret med en ny ejer og den kørte frem til 1960, hvor den lukkede. Mejlborg fungerede som hotel i en kort periode i begyndelsen af 1900-tallet, men det blev aldrig med stor succes. I dag er Mejlborg udelukkende en beboelsesejendom med to erhvervslokaler i stueetagen. I dag efter Mejlborg udelukkende en beboelsesejendom, og den tidligere restuarant er kontorer i dag.